An 2348. Bloqué sur une planète corrompue que la mécanisation déshumanise toujours davantage, Tetsurô Hoshino vit avec sa mère dans la pauvreté la plus totale. Il n'a guère beaucoup de souvenirs de son père, mort quand il était très jeune. Habitant une petit cabane à l'extérieur de la sphère urbaine de Megalopolis, ville à la démographie grouillante où les riches s'installent dans de luxueux building et où les miséreux croupissent et s'entassent toujours plus nombreux dans les bas-fonds. Tetsurô, encore vierge de toute désillusion, entretient le rêve d'une vie tranquille avec sa mère adorée... Loin de la folie des hommes et du tumulte des machines. En assistant impuissant à l'assassinat de sa mère, abattue comme un animal par le Comte mécanique, il perd définitivement cette naïveté enfantine. Ivre de douleur et de vengeance, le jeune garçon décide de partir vers une planète très lointaine où l'on obtenir gratuitement un corps mécanique. Pour y parvenir, il devra monter à bord d'un train intergalactique : le Galaxy Express 999. Malheureusement, une vie de labeur ne lui permettrait pas d'obtenir un billet. Dans son errance, il finit par rencontrer la mystérieuse Maetel qui lui offre le billet tant convoité à condition qu'il la laisse voyager à ses côtés.
Le premier film de Galaxy Express 999 débarque dans les salles obscures nippones le 4 août 1979, soit près d'un an après la diffusion du premier épisode de la saga télévisuelle. Véritable chef d'oeuvre de plus de deux heures réalisé par le grand Rintarô (Captain Harlock, Arrow Emblem Grand Prix no taka, Kamui no Ken, X1999, Metropolis...) et dessiné par le regretté Kazuo Komatsubara (UFO Robo Grendizer, Devilman, Captain Harlock, High! Step Jun...), il s'agit en fait d'un condensé de la série avec quelques différences notables au niveau du design, par exemple (Tetsurô est représenté plus âgé). On retrouve avec plaisir quelques-uns personnages clés de l'animé, comme Claire, le pirate Antares et ses enfants, mais aussi des personnages essentiels de l'univers de Matsumoto, comme Queen Emeraldas ou Captain Harlock, bien que ceux-ci sont censés vivre à une époque différente ! Qu'importe, l'occasion de voir tous ces personnages réunis est bien trop belle. Pour mettre les dernières touches à cet univers bien connu, il ne manquait plus que les musiques de Nozomu Aoki (Hokuto no Ken, Tongari Bôshi Memole, Aishite Knight, Akuma-Kun, High Step ! Jun...), déjà auteur des partitions de la série. Encensé par la critique à travers le globe, le film sera projeté en France en 1995 dans le cadre du cycle Cinémanga.